Pahuatlán fue habitada por aztecas, otomíes y algunos totonacos, los otomíes se establecieron en la comarca y posteriormente llegaron grupos totonacas. La Triple Alianza invadió la región y las comunidades quedaron tributarias de Texcoco, del Rey Poeta Netzahualcóyotl.
Los epañoles implantaron el sistema de encomienda. En el siglo XVII paso a la administración de la corona. En 1750 quedó bajo la jurisdicción eclesiástica y política de Huauchinango hasta 1860.
El Coronel Antonio Téllez Vaquier, organizó contingentes armados, con la denominación de Guardias Nacionales, en donde se incorporaron los hombres de Pahuatlán, para combatir a los conservadores reaccionarios. Derrotaron en Ayotla al General Escobar y cerca de Pahuatlán al General Linarte. Cabe mencionar que Pahuatlán sirvió de punto de reunión a las tropas liberales.
Murio combatiendo en la toma de Tulancingo, Hidalgo; el Jefe de Batallón de Pahuatlán, José de la Luz Ramírez.
Las tropas de Pahuatlán tomarón el pueblo de Tutotepec, defendido por otomíes quienes atacaron la plaza de Pahuatlán a mediados de 1859 al mando de Linarte.
El 28 de enero de 1865 derrotaron a 400 franceses y a 380 traidores en el paraje «La Laja», 120 Pahuatecos, comandado por el Coronel José Luis Lechuga, Tte. Corl. Nicolás Mérida; Tte. Corl. José María Morales; Capitanes José María Hernández, Felipe Carrillo, Pascual Rosales, Carmen Barreda, Basilio Gutiérrez, Miguel Lechuga y José Domingo; «La Partida Suelta» integrada por voluntarios, a las órdenes de los capitanes Feliciano Trejo y Benignio Jiménez.
Por decreto el H. Congreso Constitucional del Estado, el 14 de febrero de 1861, se designa Villa de Pahuatlán de Valle para honrar la memoria del General Don Leandro Valle, fusilado por los reaccionarios el 23 de junio de 1861.
La cabecera municipal, es la Villa de Pahuatlán de Valle.
Turismo en Pahuatlan: Entre sus centros turísticos cuentan con el río Chistla que se encuetra ubicado en Zacapehuaya y Xolotla que se localiza en San Pablito, además existen pinturas rupestres mismas que se encuentran entre las Localidades de Atla y Xolotla. También cuentan con las grutas de los Angeles Tlacuilotepec, El Saltillo y Cazones, un Puente Colgante en Xolotla y ruinas arqueológicas en Saltillo.
Artesanía: Se manufacturan toquillas para sombrero; vistosos collares; se hacen bordados a mano y tejidos de lana, se confeccionan cestos de carrizo; se realizan trabajos de lapidación; de talabartería, de tallado de madera y alfarería. Además se elabora el papel ámate que ha dado fama al municipio.
Gastronomía: Mole poblano, pipián, tamales, acamayas y chicales (hormigas). Dulcería regional en piloncillo. Café, chocolate, atole y vinos de frutas de tejocote, piña, mora y aguardiente de caña.